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Showing metabocard for SM(d18:1/12:0) (HMDB0012096)
Record Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Version | 5.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | Expected but not Quantified | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Creation Date | 2009-03-24 16:22:18 UTC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Update Date | 2022-11-30 19:04:10 UTC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HMDB ID | HMDB0012096 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary Accession Numbers |
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Metabolite Identification | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Common Name | SM(d18:1/12:0) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | SM(d18:1/12:0) is a sphingomyelin (SM). Sphingomyelins are members of the class of compounds known as sphingolipids (SPs), or glycosylceramides. SPs are lipids containing a backbone of sphingoid bases (e.g. sphingosine or sphinganine) that are often covalently bound to a fatty acid derivative through N-acylation. SPs are found in cell membranes, particularly in peripheral nerve cells and the cells found in the central nervous system (including the brain and spinal cord). Sphingolipids are extremely versatile molecules that have functions controlling fundamental cellular processes such as cell division, differentiation, and cell death. Impairments associated with sphingolipid metabolism are associated with many common human diseases such as diabetes, various cancers, microbial infections, diseases of the cardiovascular and respiratory systems, Alzheimer’s disease and other neurological syndromes. The biosynthesis and catabolism of sphingolipids involves a large number of intermediate metabolites where many different enzymes are involved. Simple sphingolipids, which include the sphingoid bases and ceramides, make up the early products of the sphingolipid synthetic pathways, while complex sphingolipids may be formed by the addition of head groups to the ceramide template (Wikipedia). SM is the major sphingolipid in mammals it is found in animal cell membranes, especially in the membranous myelin sheath that surrounds some nerve cell axons. It usually consists of phosphocholine and ceramide, or a phosphoethanolamine head group. In humans, sphingomyelin is the only membrane phospholipid not derived from glycerol. SM contains one polar head group, which is either phosphocholine or phosphoethanolamine. The plasma membrane of cells is highly enriched in sphingomyelin and is considered largely to be found in the exoplasmic leaflet of the cell membrane. However, there is some evidence that there may also be a sphingomyelin pool in the inner leaflet of the membrane. Moreover, neutral sphingomyelinase-2 - an enzyme that breaks down sphingomyelin into ceramide has been found to localise exclusively to the inner leaflet further suggesting that there may be sphingomyelin present there. Sphingomyelin can accumulate in a rare hereditary disease called Niemann-Pick Disease, types A and B. Niemann-Pick disease is a genetically-inherited disease caused by a deficiency in the enzyme sphingomyelinase, which causes the accumulation of sphingomyelin in spleen, liver, lungs, bone marrow, and the brain, causing irreversible neurological damage. SMs play a role in signal transduction. Sphingomyelins are synthesized by the transfer of phosphorylcholine from phosphatidylcholine to a ceramide in a reaction catalyzed by sphingomyelin synthase. In terms of its appearance and structure, SM(d18:1/12:0) consists of an unsaturated 18-carbon sphingoid base with an attached saturated dodecanoyl fatty acid side chain. In most mammalian SPs, the 18-carbon sphingoid bases are predominant (PMID: 9759481 ). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms |
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Chemical Formula | C35H71N2O6P | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Average Molecular Weight | 646.9218 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Monoisotopic Molecular Weight | 646.504974526 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IUPAC Name | (2-{[(2S,3R,4E)-2-dodecanamido-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl phosphonato]oxy}ethyl)trimethylazanium | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Traditional Name | (2-{[(2S,3R,4E)-2-dodecanamido-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl phosphonato]oxy}ethyl)trimethylazanium | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CAS Registry Number | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMILES | CCCCCCCCCCCCC\C=C\[C@@H](O)[C@H](COP([O-])(=O)OCC[N+](C)(C)C)NC(=O)CCCCCCCCCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InChI Identifier | InChI=1S/C35H71N2O6P/c1-6-8-10-12-14-16-17-18-19-21-22-24-26-28-34(38)33(32-43-44(40,41)42-31-30-37(3,4)5)36-35(39)29-27-25-23-20-15-13-11-9-7-2/h26,28,33-34,38H,6-25,27,29-32H2,1-5H3,(H-,36,39,40,41)/b28-26+/t33-,34+/m0/s1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InChI Key | HZCLJRFPXMKWHR-FEBLJDHQSA-N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chemical Taxonomy | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | Belongs to the class of organic compounds known as phosphosphingolipids. These are sphingolipids with a structure based on a sphingoid base that is attached to a phosphate head group. They differ from phosphonospingolipids which have a phosphonate head group. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kingdom | Organic compounds | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Super Class | Lipids and lipid-like molecules | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Class | Sphingolipids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sub Class | Phosphosphingolipids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Direct Parent | Phosphosphingolipids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Alternative Parents | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Substituents |
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Molecular Framework | Aliphatic acyclic compounds | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
External Descriptors |
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Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Physiological effect | Health effect
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Disposition | Biological location
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Process | Naturally occurring process
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Role | Biological role
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Physical Properties | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
State | Solid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental Molecular Properties |
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Experimental Chromatographic Properties | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Molecular Properties |
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Predicted Chromatographic Properties | Predicted Collision Cross Sections
Predicted Kovats Retention IndicesUnderivatized
Derivatized | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Spectra | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GC-MS Spectra
MS/MS Spectra
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Biological Properties | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cellular Locations |
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Biospecimen Locations | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue Locations | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pathways |
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Normal Concentrations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Not Available | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Abnormal Concentrations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Not Available | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Associated Disorders and Diseases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Disease References | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Associated OMIM IDs | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
External Links | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DrugBank ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phenol Explorer Compound ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FooDB ID | FDB028763 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
KNApSAcK ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chemspider ID | 24846872 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
KEGG Compound ID | C00550 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BioCyc ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BiGG ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Wikipedia Link | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
METLIN ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PubChem Compound | 44260123 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PDB ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ChEBI ID | 17636 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Food Biomarker Ontology | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
VMH ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MarkerDB ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Good Scents ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synthesis Reference | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Material Safety Data Sheet (MSDS) | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
General References |
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Only showing the first 10 proteins. There are 50 proteins in total.
Enzymes
- General function:
- Involved in transferase activity, transferring hexosyl groups
- Specific function:
- Catalyzes the formation of some glycolipid via the addition of N-acetylgalactosamine (GalNAc) in alpha-1,3-linkage to some substrate. Glycolipids probably serve for adherence of some pathogens
- Gene Name:
- GBGT1
- Uniprot ID:
- Q8N5D6
- Molecular weight:
- 40126.9
- General function:
- Involved in N-acetylglucosaminylphosphatidylinositol de
- Specific function:
- Involved in the second step of GPI biosynthesis. De-N-acetylation of N-acetylglucosaminyl-phosphatidylinositol.
- Gene Name:
- PIGL
- Uniprot ID:
- Q9Y2B2
- Molecular weight:
- 28530.965
- General function:
- Involved in hydrolase activity
- Specific function:
- Converts sphingomyelin to ceramide. Also has phospholipase C activities toward 1,2-diacylglycerolphosphocholine and 1,2-diacylglycerolphosphoglycerol. Isoform 2 and isoform 3 have lost catalytic activity.
- Gene Name:
- SMPD1
- Uniprot ID:
- P17405
- Molecular weight:
- 69935.53
- General function:
- Involved in galactosylgalactosylxylosylprotein 3-beta-glucuronosyltransferase activity
- Specific function:
- Involved in the biosynthesis of L2/HNK-1 carbohydrate epitope on glycoproteins. Can also play a role in glycosaminoglycan biosynthesis. Substrates include asialo-orosomucoid (ASOR), asialo-fetuin, and asialo-neural cell adhesion molecule. Requires sphingomyelin for activity: stearoyl-sphingomyelin was the most effective, followed by palmitoyl-sphingomyelin and lignoceroyl-sphingomyelin. Activity was demonstrated only for sphingomyelin with a saturated fatty acid and not for that with an unsaturated fatty acid, regardless of the length of the acyl group (By similarity).
- Gene Name:
- B3GAT1
- Uniprot ID:
- Q9P2W7
- Molecular weight:
- 38255.675
- General function:
- Involved in phosphatidylinositol N-acetylglucosaminyltransferase activity
- Specific function:
- Part of the complex catalyzing the transfer of N-acetylglucosamine from UDP-N-acetylglucosamine to phosphatidylinositol, the first step of GPI biosynthesis.
- Gene Name:
- PIGQ
- Uniprot ID:
- Q9BRB3
- Molecular weight:
- 65343.25
- General function:
- Involved in biosynthetic process
- Specific function:
- Necessary for the synthesis of N-acetylglucosaminyl-phosphatidylinositol, the very early intermediate in GPI-anchor biosynthesis.
- Gene Name:
- PIGA
- Uniprot ID:
- P37287
- Molecular weight:
- 54126.065
- General function:
- Involved in phosphatidylinositol N-acetylglucosaminyltr
- Specific function:
- Part of the complex catalyzing the transfer of N-acetylglucosamine from UDP-N-acetylglucosamine to phosphatidylinositol, the first step of GPI biosynthesis.
- Gene Name:
- PIGH
- Uniprot ID:
- Q14442
- Molecular weight:
- 21080.415
- General function:
- Involved in phosphatidylinositol N-acetylglucosaminyltr
- Specific function:
- Part of the complex catalyzing the transfer of N-acetylglucosamine from UDP-N-acetylglucosamine to phosphatidylinositol, the first step of GPI biosynthesis.
- Gene Name:
- PIGP
- Uniprot ID:
- P57054
- Molecular weight:
- 18089.055
- General function:
- Involved in phosphatidylinositol N-acetylglucosaminyltransferase activity
- Specific function:
- Part of the complex catalyzing the transfer of N-acetylglucosamine from UDP-N-acetylglucosamine to phosphatidylinositol, the first step of GPI biosynthesis.
- Gene Name:
- PIGC
- Uniprot ID:
- Q92535
- Molecular weight:
- 33582.18
- General function:
- Involved in catalytic activity
- Specific function:
- Converts sphingomyelin to ceramide. Also has phospholipase C activity toward palmitoyl lyso-phosphocholine. Does not appear to have nucleotide pyrophosphatase activity.
- Gene Name:
- ENPP7
- Uniprot ID:
- Q6UWV6
- Molecular weight:
- 51493.415
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